История Издательства «Красного знамени» берет начало в 1917 году, когда путем национализации имущества частных томских типографий в городе и губернии в целом появляется единая централизованная структура, владеющая технологической монополией на самый, наверное, главный в тех условиях ресурс – печатное слово. Долгие годы, на которые пришлись переломные для страны и Томска события, предприятие работает в единой структуре с редакциями местных газет, а также выполняет всю печатную текучку – от производства афиш и заводских малотиражек (что по тем временам было делом обязательным и крайне ответственным) до самых рядовых квитанций и бланков.
В 1975 году типография «Красное знамя» становится самостоятельным предприятием, структурно обособленным от газетных редакций. Чуть позднее начинается строительство крупного производственного комплекса на проспекте Фрунзе, полностью введенного в строй в 1986 году. На смену линотипам пришли компьютерный набор, фотонабор, цветоотделение, появились широкие возможности для выпуска полноцветной высококачественной продукции. Обновленное «Красное знамя» выпускает газетно-журнальную продукцию, а также развивает книгопечатание. Объемы выпуска газет доходили до 100 тысяч экземпляров одного только выпуска, а книг – до 1 миллиона в квартал.
В 2001 году была введена в эксплуатацию современная печатная машина Heidelberg PM 72-2. В 2012 году приобретены, смонтированы и введены в эксплуатацию автоматический пресс для высечки YAWA TYM 780A II и автоматизированный брошюровальный комплекс Theisen & Bonitz SPRINT QSM 303.
Сложная экономическая ситуация 2008–2010 гг., падение объемов производства и сильная конкуренция с другими типографиями Томска и Новосибирска привели к временной остановке деятельности «Красного знамени». Для сохранения уникального коллектива и полиграфического профиля деятельности предприятия было решено закрыть газетное (ролевое) производство, а в части листового офсетного производства объединить ресурсы с предприятием-конкурентом «Томская полиграфическая компания» (ТПК). К тому времени основанная в 2001 году ТПК уже имела большой технологический и производственный потенциал, позволяющий ей как минимум на равных участвовать в процессе консолидации с крупнейшим полиграфическим предприятием области.
В сентябре 2013 года произошла приватизация «Красного знамени». На основе комплекса недвижимости после капитальной реконструкции открылся бизнес-центр «Красное знамя». Оборудование и практически весь квалифицированный коллектив издательства перешли в ТПК. Традиции и компетенции, наработанные издательством «Красное знамя» за все время его существования, живут и передаются новому поколению томских полиграфистов. Сегодня в «Красном знамени» продолжаются издательские традиции и развивается новая планка книгопечатного дела на современном технологическом уровне.
В июне 2021 году была введена в эксплуатацию современная печатная машина Heidelberg PM 74-4. Возможности которой позволяют с высоким качеством и скоростью получать сразу готовую полноцветную печать.